Généralement, l'ulcère gastrique est le résultat d'un déséquilibre entre les facteurs de protection et les facteurs agressifs de la muqueuse, qui induise un excès d'acidité pouvant provoquer des lésions de la muqueuse squameuse de l'estomac. De la même manière, une diminution des facteurs de protections de la muqueuse glandulaire peut provoquer des lésions d'ulcération. Normalement, cette muqueuse est protégée par un mucus gastrique, les prostaglandines E2, le flux sanguin, le renouvellement cellulaire et la motilité gastrique où le pH reflète l'acidité gastrique. Quand l'estomac est vide, celui-ci tombe très bas, en dessous de 2. Pour que le pH contribue à l'équilibre du mucus gastrique, il est indispensable que le cheval puisse tout au long de la journée s'alimenter avec du fourrage ou de l'herbe. A l'inverse, les aliments concentrés vont augmenter brutalement la sécrétion de gastrine, une hormone responsable de la sécrétion des sucs gastriques, et ainsi favoriser l'apparition des ulcères.
Un autre facteur de risque est la dépression de l'état général provoquée par une maladie.
La plus grave évolution des ulcères gastriques est la perforation de la paroi duodénale qui mène à une péritonite plus ou moins localisée, mais pouvant être fatale.
Hors des cas extrêmes, la cicatrisation suite à un ulcère sévère peut entraîner une fibrose cicatricielle de la muqueuse gastrique qui augmente le risque de désordres fonctionnels au niveau de la vidange gastrique.