Né au XIXème siècle dans l'ancienne Province du Cap sous le nom de « Cheval Hantam », le Vlaamperd est issu des chevaux développé Lord Charles Somerset en 1820, qui a croisé l'Arabe et le Pur Sang après les avoir introduit dans le pays.

Après la guerre anglo-boer en 1902, quelques étalons de la race Frison ont été amenés en Afrique du Sud. A cette époque, les Pays Bas interdisaient l'exportation du Frison depuis leur territoire, afin de se soustraire à cette réglementation, les chevaux ont été expédiés d'Anvers en Belgique, et c'est de cette manière qu'il va être rebaptisé le « Cheval Flamands », en référence à sa ville d'origine.

Le « Cheval Flamand » de la race Frison a ensuite été croisés avec le « Cheval Hantam » et des juments locales. Pour améliorer le modèle, il va être influencé, au cours de son évolution avec le Hackney, le Pur Sang, l'Oldenbourg, le Frison Oriental et le Cleveland Bay.

Élevé dans les années 1930 par la famille van der Merwe de Kwaggasfontein et vendu en 1942 à Monsieur Serdyn van Riebeek-Wes dans le Swartland, l'étalon « Scheepers » va apporter une contribution notable au Vlaamperd moderne.

Le Vlaamperd, qui est aujourd'hui une race indépendante, est géré par la « SA Vlaamperd Breeders' Association », fondée à Bloemfontein en 1983, en même temps que le Stud-book. Avec son faible effectif, la race peut-être considérée comme vulnérable, en effet, en 2013, seulement 200 individus sont comptabilisé.