Enregistré pour la première fois dans le Stud-book de l'Appaloosa en 1965, le Walkaloosa, qui est issu de l'Appaloosa, n'est pas une race basée sur ses origines, mais sur la robe tacheté et les allures supplémentaires.

Afin d'éviter à tout prix la disparition de l'Appaloosa, après que les Indiens « Nez Percés » ont été forcé de quitter la réserve en 1788, l'Appaloosa Horse Club, se concentra longtemps sur ses caractéristiques morphologiques, sans pouvoir trop se soucier, au risque d'échouer dans la préservation de la race, de ses allures supplémentaires. Ainsi au fil du temps, l'Appaloosa a perdu ces dernières, et il faudra attendre 1965, pour que le premier Walkaloosa soit enregistré.

La « Walkaloosa Horse Association » établie à Cayucos dans l'État de Californie, est fondée en 1983, la même année que le Stud-book. Pour y être enregistré un cheval doit répondre à différents critères, il doit, avoir deux parents Walkaloosa, ou descendre de l'Appaloosa et posséder des allures supplémentaires, ou encore, être tacheté et avoir des allures supplémentaires.

Le niveau de menace du Walkaloosa, ainsi que son effectif, est inconnu, car aucun recensement de la popualtion n'est disponible.