Cheval proche du Mongol dont les premières mentions écrites remontent à 1479, à une époque où on consommait sa viande, le Yonaguni, nommé aussi en japonais « Yonaguni Uma » ou « Yonaguni Ryukyu », est une race probablement issue du Mongol et, comme semble le confirmer par l'étude génétique menée en 1983, du Jeju. Il est par contre certain que le Yonaguni a le même cluster de gènes que les races Misaki et Tokara, ainsi que peut-être du Noma.

Pour la population locale, la race aurait été introduite sur l'île il y a 2000, pendant la période Jomon, qui a débuté au cours de la Préhistoire, et s'est terminée 300 ans avant notre ère.

Comme beaucoup d'autres races, la généralisation de la mécanisation va fortement affecter le Yonaguni, après les années 1970, phénomène qui va s'aggraver suite à l'arrêt de la consommation de sa viande. La race, qui se dirige droit vers son extinction, va avoir le soutien d'une association pour sa préservation en 1975.

Les efforts déployés ne suffiront pas, car en 2002, le Yonaguni est considéré comme en danger critique d'extinction en 2002. Le recensement, non officiel, effectué en 2008, indiquait un effectif de 85 individus, comprenant 5 étalons et 60 juments.