Amical et doux, ce petit cheval proche de l'homme, a une taille au garrot comprise entre 1,02 mètre et 1,22 mètre pour un poids qui avoisine les 185 kilogrammes.

La couleur de sa robe est généralement baie et quelquefois alezane. Les crins de sa crinière et de sa queue, attachée haut, sont bien fournis.

Sa tête large présente des oreilles plutôt petites, son encolure est courte, ses épaules sont souvent droites, son dos est plutôt long, sa croupe est assez droite et ses sabots très durs sont long jointés.

Docile et travailleur, le Yonaguni est un cheval courageux et endurant, qui montre beaucoup de force pour sa taille.

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