La migration par le Sud : On pense que les ancêtres du Yonaguni sont arrivés au Japon depuis le continent asiatique (via la péninsule coréenne ou Taïwan) il y a environ 2 000 ans. Ils appartiennent à la souche des poneys d'Asie de l'Est, de petite taille et très résistants.

L'isolement insulaire : Une fois arrivés sur l'île de Yonaguni, ces chevaux ont été isolés du reste du monde. Cet isolement a permis de fixer des caractéristiques génétiques pures, sans croisement avec des races occidentales plus grandes, contrairement à la majorité des chevaux du Japon central.

Un moteur agricole : Sous le royaume de Ryukyu, puis pendant l'époque d'Edo, ces chevaux étaient utilisés pour le labour des champs et surtout pour le transport de la canne à sucre, principale ressource de l'île. Leur petite taille (environ 1,10 m à 1,20 m) était un atout pour circuler sur les sentiers étroits et escarpés de l'île.

Une présence omniprésente : À son apogée, chaque foyer de l'île possédait au moins un cheval. En 1897, on recensait encore plus de 2 000 têtes sur ce petit territoire.

La mécanisation : Après la Seconde Guerre mondiale, l'introduction des tracteurs et des camions a rendu le cheval obsolète pour les travaux agricoles et le transport.

La politique d'amélioration des races : Au début du siècle, le gouvernement japonais a encouragé le croisement des races locales avec des étalons étrangers plus grands pour les besoins de la cavalerie militaire. Heureusement, en raison de l'éloignement extrême de Yonaguni, la race a été largement épargnée par ces croisements, préservant sa pureté originelle.

Dans les années 1960, la population a chuté de manière dramatique. En 1975, il ne restait plus que 59 chevaux sur toute l'île. Face à cette situation critique :

Création de l'Association de Préservation : En 1975, l'Association pour la préservation du cheval de Yonaguni a été fondée pour protéger les derniers spécimens.

Statut de Monument Naturel : La municipalité de Yonaguni a déclaré la race « Monument Naturel Local », interdisant son exportation sans contrôle et finançant des programmes d'élevage.

Depuis les années 1980, la population s'est stabilisée autour de 100 à 130 individus.

Réorientation de la race : N'étant plus un outil de travail, le Yonaguni est devenu un symbole culturel et touristique. Il est utilisé pour l'équitation thérapeutique, l'éducation des enfants locaux et la tonte écologique des pâturages.

Liberté surveillée : Aujourd'hui encore, une partie de la population vit en semi-liberté dans deux ranchs communautaires (Nord et Sud de l'île), conservant le mode de vie ancestral qui a forgé la race.