Vif et alerte, ce cheval de montagne facile à manipuler, a une taille au garrot comprise entre 1,10 mètre et 1,40 mètre. La couleur de sa robe, comportant parfois des reflets cuivrés, est généralement grise, quelquefois baie ou noire, et plus rarement alezane. Les crins de sa crinière et de sa queue, atteignant parfois le sol, sont très longs et fournis. Le pelage est brillant et fin.
Docile et frugal, le Zanskari est une race parfaitement adaptée à l'environnement hypotoxique, que l'on rencontre à une haute altitude. Travailleur et endurant, il fait preuve de résistance et de robustesse.
Sa tête large, présente un profil rectiligne ou convexe, avec des yeux proéminents, et ses pieds sont sûrs, une caractéristiques indispensables à un cheval amenés à se déplacer sur des chemins escarpés.