Originaire de la vallée de Zanskar, à qui il doit son nom, située dans la Région de Ladakh au nord de l'inde, à la frontière de la Chine, le Zanskari, nommé aussi « Zanaskari » ou « Zaniskari », est une race probablement issue du Tibétain, qui est proche du Manipur et ressemble au Spiti.

Comme beaucoup d'autres races, le Zanskari, à souffert de la généralisation de la mécanisation au cours du XXème siècle. Afin d'enrailler la diminution du cheptel, des mesures de préservation et un plan de sauvegarde, définitivement adopté en 2007, vont être mi en place en 2006. Ainsi, les mules vont être remplacées par le Zanskari pour assister l'armée indienne en 2009. Puis en 2014, la « Defence Institute of High Altitude Research » vont adopter un projet entre le Zanskari et l'Haflinger.

La race est gérée par l'« Indigenous Horse Society of India », établie au nord ouest de l'inde dans la ville de Jaipur, située dans l'État de Rajasthan.

Signalée rare à l'état pure, avec seulement une centaine de sujets, le Zanskari est considéré comme étant en danger d'extinction en 2012, malgré un effectif compris entre 9702 et 9781 individus comptabilisés dans le recensement, non officiel, de 2013.

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