Mentionné dès le VIème siècle, le Zemaitukas est un cheval de petite taille, apparenté au Konik Polski, qui est issu de chevaux locaux. Il a été croisé, au cours du XIXème siècle, avec l'Arabe et le Trakehner, mais cela fortement affecté la pureté de la race.

C'est grâce à l'intervention de la famille Oginski, qui, après avoir créé des élevages à Raseiniai, Plunge et Rietavas entre 1881 et 1890, vont faire la promotion de la race, notamment lors du Salon international de l'agriculture en 1900.

Après la Seconde Guerre Mondiale, qui a eu lieu de 1939 à 1945, la quasi totalité des Zemaitukas vont être pris par les allemands, ce qui a encore affecté le cheptel. Fort heureusement, un élevage va être signalé en 1958 à U?ventis, et les chevaux vont être transférés au Haras National de Vilnius pour une deuxième renaissance.

Géré par la « ?emaituku Arkliu Augintoju Asociacija », ou « Association des Éleveurs de Chevaux Samogitiens », le Zemaitukas, qui avait un effectif de 781 sujets au recensement de 2018, a été signalé comme étant un danger d'extinction, mais stable. Sans doute grâce à l'intérêt accru pour la race, depuis l'indépendance, où les chevaux restants ont été achetés par des d'agriculteurs et conservés dans plusieurs centres d'élevage.