Au cours de l'invasion par les forces de
Napoléon, de nouvelles tentatives d'amélioration de la race ont été tentées. Ils ont eu des résultats désastreux et ont conduit à la quasi décimation de l'
Alter Real. A cette époque, les éleveurs l'ont croisé avec des chevaux comme le
Hanovrien et le
Pur Sang Anglais.
Lorsqu'ils ont constaté l'affaiblissement du cheptel, les éleveurs ont essayé de faire des croisements avec le cheval
Arabe. Ce n'est que lorsque le gouvernement portugais est intervenu et a réintroduit le natif Andalou dans le croisement des années
1800 que l'
Alter Real a retrouvé son ancienne gloire.
L'
Alter Real a failli être à nouveau en voie d'extinction au début du
XXème siècle, lorsque le règne de la monarchie portugaise, principalement responsable de la reproduction et de l'entretien de la race, a pris fin.
Après toutes ses épreuves, le nouveau gouvernement portugais a choisi de fermer le livre généalogique et de cesser toute activité de sélection. En outre, tous les
étalons ont été castrés, à l'exception de deux, que le
Docteur Ruy d'Andrade a pu sauver de la stérilisation.
Il a également réussi à écarter quelques
juments et à démarrer avec succès un nouveau troupeau. Au milieu du
XXème siècle, il a confié son troupeau florissant au ministère de l'Agriculture du
Portugal, où il a depuis prospéré et pris de l'expansion.