La race naît officiellement en 1748 sous l'impulsion du roi D. João V de Portugal. L'objectif était de fournir aux écuries royales de Lisbonne (Picaria Real) des chevaux de haute école, capables de répondre aux exigences de l'équitation académique et de la tauromachie, alors au sommet de leur prestige.

Pour établir la race, la famille royale fit importer près de 300 juments andalouses de la région de Jerez de la Frontera, en Espagne. Installé dans le domaine de la Coutada do Arneiro à Alter do Chão, l'élevage se concentra sur la production d'un cheval d'une élégance rare, caractérisé par un port de tête noble, des allures relevées et une robe majoritairement baie.

Le XIXe siècle fut une période de turbulences majeures pour le Alter Real. En 1807, lors des invasions napoléoniennes, les troupes du général Junot pillèrent le haras d'Alter do Chão. Les meilleurs sujets furent envoyés en France comme butin de guerre ou utilisés pour l'effort militaire.

Le cheptel restant fut dispersé ou croisé de manière désordonnée avec des chevaux locaux. Cette période marqua le premier coup d'arrêt brutal à la sélection génétique rigoureuse instaurée par la couronne.

Après les guerres, des tentatives de restauration de la race furent entreprises, mais avec des résultats catastrophiques. Pensant « moderniser » ou « affiner » le Alter Real, les éleveurs de l'époque introduisirent massivement du sang Pur-sang Anglais, Arabe, Hanovrien et Normand.

Ces croisements diluèrent les caractéristiques fondamentales de la race : les chevaux perdirent leur profil convexe typique, leur robustesse et surtout leur aptitude naturelle pour la Haute École. À la fin du XIXe siècle, le Alter Real n'était plus que l'ombre de lui-même, au point que l'extinction semblait inévitable.

Le salut du Alter Real vint d'un homme providentiel : le Docteur Ruy d'Andrade, célèbre hippologue portugais. Dans les années 1930, il entreprit une quête pour retrouver les derniers individus présentant encore les caractères morphologiques du type originel.

Il réussit à sauver deux étalons et quelques juments qui avaient échappé aux croisements dénaturants. En 1932, sous son influence et malgré la fin de la monarchie, l'État portugais (via le ministère de l'Agriculture) reprit la gestion du haras d'Alter.

Grâce à une sélection consanguine extrêmement rigoureuse basée sur les quelques survivants, Ruy d'Andrade parvint à fixer à nouveau les caractères historiques de la race.

Aujourd'hui, l'histoire du Alter Real est entrée dans une phase de stabilité et de rayonnement. La race est devenue le pilier central de l'École Portugaise d'Art Équestre (EPAE), fondée en 1979 sur le modèle de la Picaria Real du XVIIIe siècle.

Les chevaux Alter Real, avec leur robe baie distinctive et leur talent inné pour le passage et le piaffer, sont désormais exportés dans le monde entier comme chevaux de dressage de haut niveau. Le haras de la Coudelaria d'Alter, le plus ancien au monde fonctionnant sans interruption sur le même site, demeure le gardien de ce patrimoine vivant.