Le Département de Francisco Morazán s'étend le long des départements de Comayagua, de Yoro et de Olancho au nord, des départements de Olancho et d'El Paraíso à l'est, des départements de Valle et de Choluteca au sud et des départements de La Paz et de Comayagua à l'ouest.

Le territoire s'étale sur 7946 kilomètres carrés, pour une population de 1680700 habitants, selon le recensement de l'année 2005.

Ce département, situé au centre sud de l'Honduras en Amérique centrale, abritent un organisme de race, l'« Asociación Hondureña de Criadores de Caballos de Pura Raza Española ».