Totalement adapté au climat de son pays d'origine, l'Estonien a une taille au garrot comprise entre 1,35 mètre à 1,55 mètre, avec une moyenne de 1,47 mètre pour les mâles et 1,45 mètre pour les juments, pour un poids souvent compris entre 400 et 450 kilogrammes.

La couleur de sa robe est généralement baie, alezane, noire ou grise, mais elle peut dans de rares cas être rouanne ou souris sous l'effet de gène Dun. Les pommelures, provoquée par le gène Silver, sont particulièrement populaires auprès des éleveurs.

Sa tête, qui peut être grossière, est bien proportionnée avec un front est large, son encolure courte à moyenne est bien charnue, son garrot large est peu sorti, son rein est musclé, sa croupe de longueur moyenne est d'inclinaison normale, sa large poitrine est très profonde, ses membres courts sont fermes et ses sabots sont particulièrement solides.

Même si les jeunes chevaux de la race peuvent être mis au travail autour de l'âge de 3 ans, l'Estonien à une maturité plutôt lente, sans doute à cause des dommages provoqué par la consanguinité devenue préoccupante, et ceci parce que le nombre de reproducteurs disponibles est faible.

Il possède une longévité hors du commun et un tempérament très agréable.

Similaire au Zemaitukai, l'Estonien serait très résistant aux maladies.

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