L'élevage est aujourd'hui en danger critique d'extinction. La race a souffert de croisements massifs avec des chevaux de selle plus grands (Arabes, Pur-sang) au XXe siècle, ce qui a presque fait disparaître le type original « pur ».

Il n'existe aucun programme d'élevage structuré pour le Poney Namaqua en Europe, en Amérique ou en Asie. Il reste une « race héritage » protégée par quelques passionnés et éleveurs locaux sud-africains soucieux de préserver ce patrimoine génétique unique.

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