Il a longtemps été considéré comme le seul cheval sauvage en Afrique, toutefois une autre harde, nommée Kundudo, a été trouvée en Éthiopie au cours de l'année 2012. La théorie la plus probable quant à l'origine du Cheval de Namibie est issue d'une étude qui a eu lieu en 2005.

Il proviendrait d'un Haras localisé près de Kubub qui élevait des chevaux militaires en provenance de l'Allemagne. Lors des bombardements qui ont eu lieu pendant la Première Guerre Mondiale, de 1914 à 1918, des bombes auraient été larguées au dessus du lieu d'élevage et certains des chevaux se sont échappés.

Initialement, cette population a eu du mal à subsister, c'est grâce à l'initiative de Jan Coetzer, un employé qui gérait un gisement près de Sperrgebiet, que la race va pourvoir survivre. Il va tout faire pour que l'eau pompée pour les locomotives, continue à être disponible, malgré l'arrêt des pompages.

C'est ainsi qu'en 1980 un réservoir va être mis en place. Dans la même année, le Cheval de Namibie va être inclus dans la plus grande réserve de chasse d'Afrique, le Parc National de Namib Naukluft.

C'est lors de la grande sécheresse qui va s'abattre sur toute l'Afrique Australe, qu'il va être décidé de réduire le troupeau, en capturant certains d'entres eux pour les domestiquer, mais cela ne pourra pas se faire en raison de l'agressivité des étalons capturés. Désormais ils sont protégés par la Direction de la Conservation de la Nature de Namibie.

Le Cheval de Namibie attire des milliers de touristes chaque année. Et occasionnellement, il fait les gros titres comme en 1991 et 1992 quand la pluie est venue à manquer et encore en 1998 et 1999 quand une nutrition insuffisante a provoqué la mort de certains des chevaux très amaigris. La manière dont la population va se précipiter pour faire des dons pour l'aider a été tout à fait remarquable.

Nul doute que les origines mystérieuses du Cheval de Namibie fait partie de son attrait. On ne peux qu'être fascinés par le fait que cette race a acquis la liberté de vivre selon ses propres habitudes. Il s'est libéré de son rôle auprès de l'humain, comme cheval de travail ou compagnon de loisir, pour retrouver son comportement naturel et son propre système social.