L'Anatolie est l'un des plus anciens berceaux de l'élevage équin au monde. Dès le IIe millénaire av. J.-C., les Hittites étaient renommés pour leur maîtrise de la charrerie et leurs traités d'entraînement hippique (comme celui de Kikkuli).

Le cheval Anadolu est le descendant direct de ces anciennes populations équines locales, qui étaient déjà sélectionnées pour leur agilité et leur capacité à évoluer sur des terrains escarpés et rocailleux.

Le tournant majeur de l'histoire de la race survient avec les migrations des tribus turciques venues d'Asie Centrale. En s'installant en Anatolie, ces cavaliers nomades apportèrent avec eux leurs propres chevaux de type Turcoman (ancêtres de l'Akhal-Téké) et mongol.

Le croisement entre ces chevaux robustes d'Asie Centrale et les souches locales anatoliennes a donné naissance au « type » Anadolu : un cheval plus petit que le cheval de guerre pur, mais doté d'une endurance et d'une frugalité hors du commun. Au fil des siècles, des infusions de sang Arabe et Persan, via les routes commerciales et les conquêtes, ont affiné sa silhouette tout en préservant sa rusticité originelle.

Sous l'Empire ottoman, le cheval Anadolu est devenu le pilier de la vie quotidienne et militaire. Bien que les officiers préféraient les pur-sang arabes ou turcomans pour la parade, le cheval Anadolu était la monture de la cavalerie légère, des messagers du réseau postal impérial et le moteur de l'agriculture rurale.

Sa sélection ne se faisait pas dans des haras clos, mais par l'usage quotidien. Les conditions climatiques extrêmes de l'Anatolie (étés caniculaires et hivers glaciaux sur les plateaux centraux) ont opéré une sélection naturelle impitoyable, ne laissant subsister que les lignées les plus résistantes.

Avec la chute de l'Empire ottoman et la modernisation de la Turquie sous Mustafa Kemal Atatürk, la gestion de l'élevage équin a changé. L'accent a été mis sur la création du « Arabe Turc » de course et sur l'amélioration des races pour l'armée.

Le cheval Anadolu original, souvent perçu comme trop petit ou « commun », a subi des croisements massifs visant à augmenter sa taille. La mécanisation de l'agriculture dans les années 1950 a également réduit drastiquement son utilité économique, entraînant une chute brutale des effectifs et une perte de l'identité génétique de la race pure dans de nombreuses régions.

À partir de la fin du XXe siècle, les scientifiques et les historiens turcs ont pris conscience de la valeur inestimable du cheval Anadolu en tant que ressource génétique unique. Des études ont révélé que ce cheval possède des marqueurs génétiques anciens qui le distinguent nettement des races modernes.

Aujourd'hui, l'histoire du cheval Anadolu se poursuit à travers des programmes de conservation visant à protéger ce « cheval aborigène » qui a porté sur son dos les fondateurs de la Turquie moderne et leurs ancêtres depuis plus de mille ans.