Le Basuto, qui selon les autorités n'est pas un poney, est issu du cheval originel de l'Afrique du Sud, le Cheval du Cap, et s'est développé lorsque les premiers individus ont été emmenés au Cap en 1652 par la Compagnie néerlandaise des Indes orientales.

Les premières importations étaient des « poneys de Java », et même si une majorité lui reproche d'être entièrement de sang Arabe Persan et Arabe, il est important de préciser que le « poney de Java » était principalement issu du robuste Mongol, avec lequel le Basuto a beaucoup plus de similitudes.

Ces chevaux appartenant à des agriculteurs du Cap, à la frontière de la Rivière Orange (long de 2 160 kilomètres), ont été attaqués à plusieurs reprises par les peuples Griqua et Koranna, originaires d'Afrique du Sud, et ont perdu un grand nombre de leur cheptel au profit de tribus vivant dans l'actuel Lesotho.

Les Basothos, peuple ethnique du Lesotho, ont vu en ce cheval, et ceci dès son introduction, un atout précieux.

C'est pourquoi, en plus des chevaux « perquisitionnés » à d'autres tribus, ils en ont acheté à des marchands européens, et en ont également acquis en guise de paiement pour le travail effectué dans les fermes des colons.

C'est ainsi qu'en 1870, la quasi totalité de ce peuple possédait un Basuto.

Le terrain accidenté, et le climat de montagne sévère au Lesotho, ont fortement influencé le type de cheval qui va émerger après quelques générations.

Le climat inhospitalier a éliminé les chevaux faibles, et, la haute altitude et le terrain escarpé ont entraîné le développement d'un coeur fort, et d'une grande capacité pulmonaire, qui ont forgé le Basuto qui est devenu compact, solide et extrêmement robuste.

Au tournant du siècle, le Basuto était bien établi en tant que type distinctif, ses innombrables qualités étant saluées par toute l'Afrique du Sud.

Il faut dire là bas, les animaux, y compris les chevaux, étaient toujours à la merci des éléments.

Ils ne bénéficiaient d'aucun abri et devaient trouver leur propre nourriture.

Ce dure mode de vie a continuer façonner un type de cheval qui a conservé, non seulement, les caractéristiques dignes de ses ancêtres comme l'esprit, l'intelligence, la robustesse, l'endurance et la maniabilité, mais à donner au Basuto plus de résistance que ses ascendants.

Au cours du XIXème siècle, la renommée de Basuto se répandit dans toute l'Afrique du Sud, et beaucoup furent exportés en Inde à des fins militaires.

À la fin du siècle, la guerre Anglo-Boer a encore augmenté la renommée de ce petit cheval dans tout l'empire britannique.

Malheureusement, le prix de cette renommée fut le déclin rapide de la race.

Les forces britanniques en Afrique du Sud ont vite découvert que le Basuto était un meilleur cheval de bataille que le leur et, au cours de la guerre, elles ont fait l'acquisition d'au moins 30000 individus.

Cela a immortalisé le Basuto, et de nombreuses histoires de guerre parlent du courage, de la loyauté et de la robustesse de ce cheval incomparable.

Cependant, pendant la guerre, le Basuto a perdu une grande partie de son effectif, et cela a continuer pendant la Première Guerre mondiale, où plus de 2000 individus ont été exportés vers l'Afrique du Sud Ouest allemande, maintenant la Namibie, et un nombre inconnu vers Afrique de l'Est.

La Basuto ne se remettra jamais de ces pertes.

En effet, les chevaux qui étaient restés au Lesotho étaient des éléments inférieurs, sans compter les sécheresses, le surpâturage et la négligence qui ont encore aggravé la situation.

Un travail sérieux a été entrepris par l'Irlande à partir du 8 mai 1973, pour sauver le Basuto de l'extinction, par le biais du projet « Poney Basotho » avec la coopération du Lesotho, qui a développé le Haras National en 1978.

Situé au centre de Thaba-Tseka, ce haras avait pour but d'élever des poulains, à partir desquels des étalons étaient sélectionnés pour être accouplés avec les meilleures juments.

En septembre 1989, Thomas F. Ryan qui était responsable du projet « Poney Basotho », fit une étude sur le recensement de la population du Basuto.

Il découvrit que le Basuto était loin d'être en voie d'extinction, au vue des 10000 individus recensés.

En 2004, le Lesotho a obtenu une partie du cheptel des reproducteurs améliorés en Afrique du Sud, et l'a amené dans les montagnes, mais ces chevaux qui ont beaucoup souffert le premier hiver et qui ont dû être nourris, réussirent, le deuxième hiver, à se débrouiller seuls.

Ce fut une bonne indication que, même lorsqu'il est élevé dans les basses terres, le Basuto ne perd pas sa capacité d'adaptation.

De nos jours, selon certaines études menées en 2006 et 2010, le Basuto aurait totalement disparu.