Mais la vente des terrains communaux, les progrès de l'agriculture et la déforestation, dès le
XVIIIème siècle, amorça le déclin de la race.
Même si la zone d'
Alava fut moins touchée, la diminution du cheptel de ses deux tiers dans les provinces de
Bizkaia et
Guipuscoa aura de graves conséquences sur l'effectif.
Lorsque le besoin de
chevaux adaptés à une agriculture nouvelle se fut sentir, le gouvernement d'
Alava proposa un petit groupe d'
étalons composé exclusivement du
Pure Race Espagnole importé de
Tolède, d'
Aranjuez et de la
Communauté Autonome d'Andalousie, qui fut réparti sur
6 ou 7 lieux de reproduction.
Mais le résultat des croisements très décevant sera critiqué, notamment car la procédure ne tenait pas compte des particularités des
chevaux de montagne d'
Alava, et l'utilisation d'
étalons de
El Alto Ampurdán fut plus adapté, car les individus étaient plus sobre et de petite taille.
Avec l'augmentation de la demande de
chevaux plus lourds destiné à la traction agricole, au cours du
XIXème siècle et du
XXème siècle, des
étalons, dont le
Breton, furent occasionnellement croisés avec le
Cheval de Montagne du Pays Basque, puis à partir des années
1940 et
1950 les croisements devinrent plus nombreux.
Comme beaucoup de races utilisées pour les
travaux des champs, le
Cheval de Montagne du Pays Basque connu un déclin sans précédent dans les années
1980, au point que la race fut menacée d'extinction, lors de la généralisation de la mécanisation.
Elle serait aujourd'hui éteinte sans un groupe d'éleveurs qui décida de tout entreprendre pour conserver ce
cheval, aux multiples qualités, en sollicitant l'aide du
Conseil Provincial en
1984.
Malheureusement, la production de viande fut le seul débouché rationnel pour la race.
Dans le but d'adapter la race à sa nouvelle destinée, le «
Diputación Foral de Álava », ou
Conseil Provincial d'Alava, encouragea l'utilisation de reproducteurs massifs, c'est ainsi que trois
étalons Comtois, originaire du
Royaume Uni, furent sélectionnés pour les futures croisements.
Par la suite l'
Ardennais, le
Breton, le
Comtois et le
Trait Belge furent également utilisés.
On plaça ces
étalons dans deux régions de montagne bien déterminée, soit à
Izki et à
Bitigarra, et à la suite de cette introduction dans le troupeau, le cheptel connu une nette augmentation de son effectif entre
1984 et
1990, qui passa de
1116 individus à 2066.
Après une forte diminution des exploitations agricoles entre
1990 et
1997, des études sur la
morphologie de la race furent entrepris, et c'est ainsi que le
21 juillet 1999, le standard fut officiellement approuvée et le Stud-book créé.
Mais
8 mois plus tard, le
3 mars 2000, le
Cheval de Montagne du Pays Basque fut reconnu comme une race autochtone en danger d'extinction.
Symbole vivant de la culture locale et plus particulièrement des montagnes d'
Alava, le
Cheval de Montagne du Pays Basque, qui doit son existence au marché de l'hippophagie, a permis la création d'une activité économique du territoire montagnard.
Par ailleurs le mode d'élevage, qui a évolué, permettra à la majorité des éleveurs de posséder un
étalon afin d'être relâché dans les montagnes au printemps pour saillir les
juments, au lieu de devoir faire appel à un centre de reproduction.
Même si la race a connu une très nette expansion à la fin du siècle précédent, le
Cheval de Montagne du Pays Basque verra son effectif s'accroître beaucoup plus lentement au début du
XXIème siècle.
En effet, l'effectif de
1914 individus en
2000, augmentera d'à peine
200 individus en
6 ans (2116 individus au recensement de 2006).
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