Les racines du cheval Altaï remontent à l'Antiquité. Des preuves archéologiques exceptionnelles, notamment les célèbres fouilles des kourganes (tombes) de Pazyryk datant du Ve au IIIe siècle av. J.-C., ont révélé que des chevaux morphologiquement très proches de l'Altaï actuel étaient déjà élevés par les tribus scythes et nomades de la région.

Dans ces tombes gelées, des chevaux sacrifiés ont été retrouvés dans un état de conservation parfait. Les analyses ont montré que ces ancêtres possédaient déjà la robustesse et la taille compacte nécessaires pour survivre à l'altitude. À cette époque, le cheval était le pilier central de la culture nomade, utilisé pour la guerre, le transport et comme source de nourriture.

L'histoire de la race est avant tout celle d'une adaptation biologique. Contrairement aux races européennes créées par l'homme pour l'élégance ou la vitesse, le cheval Altaï a été forgé par le climat sibérien.

Pendant des siècles, ces chevaux ont vécu en mode taboun (troupeaux semi-sauvages), restant à l'extérieur toute l'année, même par des températures tombant à -40°C ou -50°C. Cette gestion extensive a éliminé les individus les plus fragiles, ne laissant subsister qu'une population dotée d'une capacité pulmonaire exceptionnelle, d'un métabolisme capable de transformer les lichens et herbes sèches en énergie, et d'une structure osseuse très dense.

Au cours du Moyen Âge, la région de l'Altaï a vu passer de nombreuses vagues migratoires. Les invasions mongoles ont introduit du sang de chevaux mongols, renforçant la rusticité et la petite taille de la souche locale.

Cependant, l'isolement des vallées de haute montagne a permis de préserver un type « aborigène » relativement pur, protégé des croisements massifs qui ont transformé d'autres races de plaine.

Au XXe siècle, sous l'ère soviétique, l'histoire du cheval Altaï prend un tournant plus industriel. L'État cherche à augmenter la productivité des troupeaux pour la viande et le lait, mais aussi à créer un cheval de bât plus grand pour les besoins de l'armée et de l'exploitation forestière.

Des croisements sont alors opérés avec des races russes plus imposantes, comme l'Orlov, le Don ou des chevaux de trait. Cela a conduit à la création de deux types distincts :

L'Altaï pur (Aborigène) : Conservé dans les zones les plus reculées, fidèle au type antique.

L'Altaï amélioré : Plus grand et plus lourd, utilisé pour les travaux agricoles.

Aujourd'hui, l'histoire de la race se poursuit à travers les traditions des peuples altaïens. Pour ces populations, le cheval reste un symbole de liberté et un compagnon de survie.

Bien que les effectifs de la race pure soient surveillés, le cheval Altaï demeure l'un des rares exemples de « cheval primitif » ayant survécu à la modernité sans perdre ses instincts sauvages ni ses capacités de survie hors du commun.