Même s'il a les mêmes origines que le Basuto développé lorsque les premiers chevaux ont été emmenés au Cap en 1652 par la Compagnie néerlandaise des Indes orientales, le Boer du Cap se différencie par les apports de sang qu'il a reçu d'autres races.

Au cours de la Seconde Guerre des Boers (du 11 octobre 1899 au 31 mai 1902), la grande mobilité et la robustesse du Cheval du Cap, l'ancêtre du Boer du Cap, aide les pionniers blancs d'Afrique du Sud, appelé les Boers (qui signifie littéralement « paysan » en français), à se déplacer et à tenir face à l'empire britannique durant 3 ans.

Lorsque l'effectif de la race déclinera à la suite de la généralisation de la mécanisation, un groupe de passionnés réalisera à quel point l'ancien Cheval du Cap, populaire dans le monde entier, était un allier précieux, capable de faire preuve de robustesse, d'endurance, de travailler dur même avec une faible alimentation et de porter un grand cavalier, sans effort, sur un terrain difficile, sur de longues distances.

Toutes ces caractéristiques exceptionnelles les pousseront à élever une race qui présenterait les mêmes caractéristiques, avec quelques améliorations afin d'être parfaitement adaptée aux conditions de l'Afrique du Sud, et aussi devenir un cheval d'équitation agréable, doté d'un bon tempérament.

Des tentatives ont été faites pour identifier de bons reproducteurs, mais en raison d'exportations, de sécheresses et d'autres catastrophes, il était difficile de trouver les chevaux appropriés, car les bons étalons étaient devenus particulièrement rares.

Il a ensuite été décidé d'utiliser des étalons d'autres races répondant aux exigences de base, et susceptibles d'apporter une contribution positive en termes d'établissement de la nouvelle race.

Les candidats visés étaient l'Arabe, le Hackney, le Flamand et le Selle Américain.

Une politique de sélection rigoureuse garantissait que seuls les chevaux conformes au standard étaient admis au programme de valorisation.

Le livre généalogique du Boer du Cap, qui avait été fermé en 1964, a cependant été rouvert en 1970 pour une période de 1 an.

En 1973, la « Société du Cheval Boer du Cap » d'Afrique du Sud, officiellement nommée Kaapse Boerperd Society, fut formée afin de protéger le Boer du Cap.

Le Boer du Cap est en développement, et les croisements extérieurs à la race ne sont plus autorisés depuis 1999.

Au recensement de 2013, l'effectif de la race était de plus de 1900 chevaux.