Également appelé « colosse en marbre blanc », le Boulonnais serait le descendant des chevaux importés par les légions de Jules César (-100 à -44).

Ces chevaux sont restés le long des côtes de Cape Gris Nez dans l'actuel Département du Pas de Calais, avant d'envahir ce qui est maintenant le Royaume Uni.

Beaucoup plus tard, les croisades et l'occupation espagnole de la Région de Flandre au XVIIème siècle, ont entraîné un apport de sang oriental et ibérique.

Des croisements supplémentaires avec le cheptel du Pure Race Espagnole (Andalou), et un apport du Mecklembourg en provenance d'Allemagne, ont également façonné la race.

Au temps du règne d'Henri IV (de 1589 à 1610), il était sans doute apprécié, comme en témoigne la création des courses de Saint Omer en 1589.

Au XVIIème siècle, le Boulonnais jouissait d'une excellente réputation auprès de négociants de la Région Historique de la Picardie et de la Région de Normandie, venus acheter de bons chevaux pour leur activité et leur utilisation.

En effet, le Boulonnais a été utilisé pour transporter du poisson frais, d'où le surnom « Mareyeur » qui signifie « vendeur de poisson », de Boulogne sur Mer, ville d'où il tire son nom, à Paris, ou bien pour déplacer de gros blocs de pierre, et même pour tirer l'artillerie et fournir des wagons à l'armée française au XXème siècle.

Au début des années 1900, le Boulonnais a été importé en grand nombre aux États Unis, et était extrêmement populaires en France.

Mais malheureusement, avec deux guerres mondiales en Europe dans la première moitié du siècle, et la généralisation de la mécanisation, la population du Boulonnais a beaucoup souffert, et a presque disparu après la Seconde Guerre mondiale (de 1939 à 1945).

Si bien qu'en 2010, 60% des individus de la race était élevé pour la production de viande.

Cependant, l'industrie de l'abattage en crise en raison de la baisse des prix, de la controverse sur l'hippophagie et de l'importation de viande à bas prix, a entraîné une chute brutale de la consommation de viande chevaline en Europe.

C'est bien évidemment une bonne nouvelle, si l'on considère la consommation inacceptable de ce magnifique cheval, mais pour la survie de la race, c'est une autre histoire, car elle n'avait pratiquement plus de débouchés.

Aujourd'hui, des reproducteurs Boulonnais sont présents dans plusieurs départements du nord ouest de la France, notamment dans le Département du Pas de Calais, le Département du Nord (Dunkerque et Hazebrouck), le Département de la Somme, la Département de la Seine Maritime et le Département de l'Oise.

Les Boulonnais sont à cette époque principalement élevés sur des haras financés par le gouvernement, afin d'empêcher cette race impressionnante de disparaître.

En parallèle, les Haras Nationaux ont mis au point un programme d'élevage visant à croiser le Boulonnais avec l'Arabe, afin de créer un cheval rapide et alerte, qui portera le nom d'Arabo Boulonnais.

Certains étalons ont particulièrement marqués la race, comme Fréthun (né en 1949), qui est présent dans 14 % des Boulonnais actuels, Trésor (né en 1963), Astérix (né en 1966) et Prince (né en 1981).

Considérée en 2008 comme une race en voie de disparition, le « Syndicat Hippique du Boulonnais » (SHB) proposent des subventions aux éleveurs.

Quant au plan de sauvegarde de l'Institut Français du Cheval et de l'équitation (IFCE), mis en place à partir de 2011, il sera finalisé en 2014.

Malgré les efforts déployés, le Boulonnais reste l'une des races de chevaux les plus menacées de France depuis 2015, et la situation est aggravée par l'absence de choix dans les croisements avec des races proches, à cause des problèmes dû à la consanguinité, et à la dérive génétique.

Dans le but de préserver et de protéger ce cheval qui a peu de débouchés, les éleveurs bénéficient d'aides financières, mais l'effectif reste faible avec 335 juments et 34 étalons en activité, pour 171 immatriculations enregistrées par an (données SIRE au 04 juillet 2017).