Tout commence en 1792, lorsque l'impératrice Catherine II de Russie ordonne la réinstallation des Cosaques Zaporogues (venus d'Ukraine) vers la région du Kouban, sur les rives de la mer Noire. Ces guerriers emmènent avec eux leurs chevaux de souche ukrainienne, déjà réputés pour leur endurance.

Arrivés dans ce nouveau territoire sauvage, les Cosaques doivent adapter leur cavalerie. Les chevaux originels sont alors croisés avec les populations locales de chevaux de steppe russes pour renforcer leur rusticité. C'est ainsi que naît le noyau primitif de la race Chernomor.

Au cours du XIXe siècle, la race Chernomor subit une transformation majeure sous l'influence des conflits incessants dans le Caucase. Les Cosaques capturent ou échangent des chevaux avec les peuples montagnards.

Le Kabarda : Apportant une agilité incroyable en terrain montagneux et des sabots d'une dureté exceptionnelle.

Le Karabakh et le Persan : Apportant de l'élégance, de la rapidité et une certaine distinction.

À cette époque, le Chernomor devient le cheval de guerre idéal : plus léger et rapide que le cheval du Don, mais plus robuste et endurant que les chevaux purement orientaux. Il est l'outil indispensable de la surveillance des frontières russes du Sud.

Vers le milieu du XIXe siècle, le gouvernement impérial russe commence à s'intéresser sérieusement à la race pour standardiser la remonte de la cavalerie. Des haras spécialisés sont établis dans la région du Kouban.

Le Chernomor se distingue par une robe souvent baie ou alezane, parfois avec des reflets dorés hérités de ses ancêtres orientaux. Durant les guerres napoléoniennes et les conflits ultérieurs, les régiments de Cosaques de la mer Noire montés sur leurs Chernomors deviennent légendaires pour leur mobilité et leur courage lors des charges et des reconnaissances.

Le XXe siècle est fatal pour la race en tant qu'entité pure. La Première Guerre mondiale, suivie de la Révolution russe et de la Guerre civile, dévaste les effectifs. Les haras sont détruits et les chevaux sont réquisitionnés, dispersés ou abattus au cours des combats entre les Rouges et les Blancs.

Dans les années 1920, la population de chevaux Chernomor est devenue si faible qu'une gestion indépendante de la race n'est plus viable économiquement pour le nouveau pouvoir soviétique.

L'histoire du Chernomor ne s'arrête pas par une extinction totale, mais par une absorption. Dans les années 1930, le maréchal Semion Boudienny entreprend de créer un nouveau cheval de cavalerie « ultime » pour l'armée soviétique.

Les derniers et les meilleurs spécimens du Chernomor sont croisés avec des chevaux du Don et des Pur-Sang Anglais. Cette fusion donne naissance à la race Budyonny. Aujourd'hui, on considère que le Chernomor est l'un des deux piliers génétiques (avec le cheval du Don) ayant permis la création du cheval de sport russe moderne.