Les racines du Castillon plongent dans la nuit des temps. De nombreux historiens et hippologues voient en lui le descendant direct des chevaux sauvages qui peuplaient les Pyrénées à l'ère magdalénienne.

Les peintures rupestres de la grotte de Niaux, en Ariège, représentent des chevaux dont la silhouette, petite taille, profil concave, robe sombre et crins fournis, présente une ressemblance frappante avec le Castillon actuel.

Pendant des millénaires, ce cheval s'est façonné au contact d'un environnement hostile. Le relief accidenté, le climat rude des montagnes et la rareté de la nourriture ont sélectionné un animal petit, d'une agilité hors norme et doté d'une résistance à toute épreuve.

Au Moyen Âge, le cheval de Castillon devient un élément essentiel de l'économie montagnarde. Polyvalent, il est utilisé par les paysans pour le labour des terrasses étroites où les bœufs ne peuvent accéder. Il est aussi le grand spécialiste du portage : capable de porter de lourdes charges sur des sentiers de crête vertigineux.

Sa réputation dépasse les frontières du Couserans. La légende raconte que le roi François Ier appréciait particulièrement ces chevaux de l'Ariège pour leur vivacité. Sous l'Ancien Régime, la race est également recherchée par la cavalerie légère et l'artillerie de montagne, car elle combine la puissance de traction et une sûreté de pied indispensable dans les zones de conflit pyrénéennes.

Au XIXe siècle, le Castillon connaît une période de grande activité. Il est au cœur des échanges commerciaux entre la France et l'Espagne. Des foires célèbres, comme celle de Saint-Girons, voient s'échanger des centaines de ces « petits chevaux de fer ».

Cependant, cette période marque aussi le début des croisements. Pour répondre aux besoins de l'armée qui réclame des chevaux plus grands, certains éleveurs introduisent du sang étranger (notamment breton ou percheron). Malgré ces pressions, le noyau dur des éleveurs des vallées de Castillon-en-Couserans préserve la pureté de la souche originelle, protégeant son standard unique.

Le XXe siècle faillit être fatal à la race. Deux facteurs conjugués ont mené le Castillon au bord du gouffre :

La Motorisation : L'arrivée des tracteurs et des camions rend le cheval de travail obsolète dans les vallées.

L'Exode Rural : L'abandon des fermes d'altitude réduit drastiquement les effectifs.

Dans les années 1970 et 1980, le Castillon est quasiment oublié, souvent confondu avec son voisin, le Mérens, ou relégué à la production de viande. À cette époque, il ne reste plus qu'une poignée d'individus typés, éparpillés chez quelques éleveurs passionnés et isolés.

Le sauvetage de la race commence véritablement en 1992 avec la création du Syndicat des Éleveurs de Chevaux de Race Castillonnaise. Sous l'impulsion de passionnés et de scientifiques comme Louis-Adrien de Zélicourt, un inventaire des derniers sujets est réalisé.

Le combat pour la reconnaissance porte ses fruits en 1996, lorsque le ministère de l'Agriculture reconnaît officiellement le Castillon comme race à part entière. Depuis, la race se reconstruit lentement mais sûrement. Elle a trouvé un nouveau souffle dans l'équitation de loisir, la randonnée au long cours et l'éco-pastoralisme.