L'origine du poney Alaca remonte aux migrations des peuples turcs venus d'Asie centrale vers l'Anatolie. Ces tribus nomades ont apporté avec elles des petits chevaux robustes, habitués aux conditions extrêmes.

En s'installant dans les régions de l'est de la Turquie actuelle (notamment autour d'Erzurum, d'Artvin et de Kars), ces équidés se sont croisés avec des chevaux locaux présents depuis l'époque hittite et byzantine.

Contrairement aux chevaux de prestige des armées ottomanes, le poney Alaca est resté une race « populaire », sélectionnée par les paysans et les montagnards pour sa capacité à travailler dans des environnements où les grands chevaux échouaient.

Historiquement, la robe pie (tachetée) a joué un rôle crucial dans l'identification de cette race. En turc, le terme « Alaca » décrit une alternance de couleurs.

Dans les zones montagneuses et boisées de l'Anatolie du Nord-Est, cette robe offrait un certain camouflage naturel, mais elle permettait surtout aux propriétaires de distinguer facilement leurs bêtes au sein des troupeaux semi-sauvages qui pâturaient dans les alpages.

Au fil des siècles, les éleveurs locaux ont favorisé ces motifs colorés, créant une identité visuelle forte qui a fini par définir la race elle-même.

L'histoire de l'Alaca est intimement liée à la rudesse du climat anatolien. La race s'est développée dans des zones où les hivers sont longs et les étés courts. Sa petite taille (souvent moins de 1,35 m) et sa morphologie compacte sont le résultat d'une adaptation millénaire à la rareté des ressources alimentaires hivernales.

Pendant des siècles, il a été le moteur principal des petites exploitations de montagne, transportant le bois, le foin et les denrées sur des sentiers escarpés inaccessibles aux charrettes. Sa résistance au froid et sa capacité à se nourrir de fourrages pauvres en ont fait un allié indispensable à la survie des communautés isolées.

Avec l'arrivée de la mécanisation et le développement du réseau routier en Turquie au cours du XXe siècle, le rôle utilitaire du poney Alaca a décliné. Considéré comme un animal « rustique » et peu prestigieux par rapport aux races de sport ou aux pur-sang arabes, il a été relégué aux régions les plus reculées.

L'absence de stud-book (livre généalogique) officiel pendant une grande partie du siècle dernier a entraîné des croisements incontrôlés, menaçant la pureté de ses caractéristiques originelles. La race a failli disparaître, ne subsistant que grâce à quelques poches d'élevage traditionnel.

Depuis quelques décennies, les chercheurs turcs et les organisations de préservation du patrimoine ont redécouvert l'importance de l'Alaca. Il est désormais reconnu comme une « ressource génétique nationale » en Turquie.

L'histoire récente de la race est celle d'un sauvetage : des efforts sont faits pour recenser les derniers individus typés et pour promouvoir leurs qualités exceptionnelles en tant que chevaux de loisir, de randonnée en montagne et d'équithérapie. Il n'est plus seulement vu comme un poney de bât, mais comme un témoin vivant de l'histoire rurale de l'Anatolie.