L'origine de la race remonte aux anciens chevaux des Illyriens, les ancêtres des Albanais. Dans l'Antiquité, ces chevaux étaient déjà réputés pour leur petite taille, leur agilité et leur extrême résistance.

Ils appartenaient à la souche des poneys balkaniques, eux-mêmes issus du Tarpan et des chevaux des steppes d'Asie centrale. À cette époque, le cheval était déjà un outil vital pour les tribus montagnardes, utilisé aussi bien pour le transport que pour la guerre de guérilla dans les zones accidentées.

Le tournant majeur dans l'histoire de la race survient durant les cinq siècles d'occupation ottomane (XIVe - XIXe siècle). Les Ottomans, grands cavaliers, ont introduit massivement du sang Arabe et Turcoman dans la population équine locale.

Ce croisement a été déterminant : il a apporté au cheval albanais une élégance accrue, une meilleure endurance sur de longues distances et une plus grande finesse de tête, tout en conservant la rusticité et la solidité du pied du poney balkanique originel. C'est durant cette période que le cheval albanais a acquis sa réputation de « cheval de fer », capable de survivre avec des rations minimales tout en portant de lourdes charges sous le climat rude des Balkans.

Le Type des Plaines (Myzeqeja) : Plus grand et plus robuste, il a été sélectionné pour les travaux agricoles dans les terres fertiles du littoral.

Le Type des Montagnes : Plus petit (environ 1,25 m à 1,35 m), il est resté le compagnon indispensable des populations isolées des Alpes dinariques, capable de gravir des sentiers vertigineux.

Durant la période communiste (1944-1991), l'élevage équin a été nationalisé. L'État a créé des stations d'élevage, notamment le célèbre Haras de Shkodër, pour améliorer la race et répondre aux besoins de l'armée et de l'agriculture collective.

C'est à cette époque que des tentatives de croisements avec des chevaux de trait (Haflinger) ou des Pur-sang ont été effectuées pour augmenter la taille de certains sujets.

Cependant, la chute du régime en 1991 a entraîné un chaos pour l'élevage. La dissolution des coopératives d'État a conduit à une dispersion des animaux et à une perte de traçabilité génétique. La mécanisation rapide de l'agriculture a également réduit drastiquement l'utilité pratique du cheval.

Aujourd'hui, l'histoire du cheval albanais est à un tournant critique. Bien qu'il reste l'une des races les plus importantes en nombre dans les Balkans, sa pureté est menacée par des croisements anarchiques.

Les chercheurs et les organisations locales tentent désormais de recenser les lignées les plus pures pour préserver ce qu'ils considèrent comme une pièce maîtresse de l'identité culturelle et rurale de l'Albanie.