L'histoire du cheval andin commence en 1532, lorsque Francisco Pizarro et ses troupes débarquent au Pérou. Les chevaux introduits étaient un mélange de races ibériques de l'époque, principalement d'origine Barbe et Andalouse.

Initialement confinés aux côtes, ces chevaux furent rapidement emmenés vers l'intérieur des terres pour soutenir l'expansion coloniale, l'exploitation minière et l'évangélisation des populations indigènes. C'est à ce moment que commence la séparation historique entre le futur Paso Peruano (resté sur la côte et sélectionné pour le confort des riches propriétaires de haciendas) et le Cheval Andin, qui allait devenir le partenaire des paysans et des communautés d'altitude.

Le passage de la côte aux plateaux de l'Altiplano (souvent au-dessus de 3 000 ou 4 000 mètres d'altitude) a agi comme un filtre biologique impitoyable. Les chevaux incapables de supporter l'hypoxie (le manque d'oxygène), le froid glacial et le terrain escarpé mouraient prématurément.

Au fil des siècles, une sélection naturelle féroce a favorisé les individus plus petits, dotés d'une cage thoracique plus large et d'un système cardiovasculaire plus performant. C'est ainsi que s'est forgé le morphotype du cheval andin : un animal compact, d'une rusticité extrême, capable de survivre là où d'autres chevaux succomberaient à l'épuisement.

Contrairement au cheval de prestige des élites coloniales, le cheval andin est devenu le « cheval du peuple ». Il fut adopté par les populations Quechuas et Aymaras, qui l'intégrèrent totalement à leur économie et à leur culture.

Pendant plus de 400 ans, il a servi de moyen de transport indispensable pour relier les villages isolés, transporter les produits agricoles vers les marchés et participer aux fêtes religieuses et traditionnelles. Son histoire est celle d'un travailleur de l'ombre, indissociable de la vie rurale péruvienne.

Au XIXe et au début du XXe siècle, alors que d'autres races étaient « améliorées » par des apports de sang européen ou arabe, le cheval andin est resté largement isolé dans ses montagnes. Cet isolement a permis de préserver des traits génétiques ibériques archaïques qui ont disparu ailleurs.

Pendant longtemps, il a été déconsidéré par les cercles équestres officiels, étant perçu simplement comme un « poney de pays » sans valeur de race. Cependant, sa résistance phénoménale et son rôle social ont fini par attirer l'attention des chercheurs et des historiens.

Le tournant majeur survient récemment. En 2003, puis plus officiellement en 2012, le gouvernement péruvien a reconnu le Cheval Andin comme une « Race de produit national ». Cette décision visait à protéger ce patrimoine génétique unique et à valoriser l'histoire d'un animal qui a accompagné le développement du Pérou profond pendant près de cinq siècles.