Les racines du Baixadreiro remontent aux premiers siècles de la colonisation du Brésil. Ses ancêtres sont les chevaux apportés par les colons portugais et espagnols. Ces équidés, principalement de souche ibérique (Andalous et Barbes), étaient robustes et habitués aux climats chauds.

Introduits dans l’État du Maranhão pour les besoins de l’agriculture et de l’élevage extensif, certains de ces chevaux se sont échappés ou ont été laissés en liberté dans les zones de marais et de plaines inondables. C’est dans cet isolement géographique que l’histoire de la race a véritablement commencé.

Pendant plus de quatre siècles, ces chevaux ont subi une sélection naturelle impitoyable. La Baixada Maranhense est caractérisée par un cycle saisonnier extrême :

La saison des pluies : Les plaines sont totalement inondées, forçant les chevaux à vivre les pieds dans l’eau pendant plusieurs mois, à nager pour se déplacer et à se nourrir de plantes aquatiques.

La saison sèche : Le sol devient dur et brûlant, avec une nourriture qui se raréfie.

Seuls les individus les plus résistants, capables de supporter l'humidité constante sans développer de pathologies des sabots et pouvant survivre avec un régime alimentaire pauvre en minéraux, ont survécu. Cette pression environnementale a réduit la taille du cheval d'origine pour en faire un animal compact, extrêmement rustique et doté de sabots d'une dureté exceptionnelle.

Au fil du temps, les populations locales, et particulièrement les vaqueiros (gardiens de troupeaux), ont compris la valeur inestimable de ce petit cheval. Contrairement aux races importées ou plus grandes qui succombaient aux maladies tropicales ou à l'épuisement dans les marais, le Baixadreiro s'est révélé être le seul capable de rassembler le bétail dans les zones inondées.

Il est devenu un pilier de la culture rurale du Maranhão, intégré aux traditions locales et indispensable à l'économie de subsistance de la région. Pendant des siècles, l'élevage s'est fait de manière empirique, les éleveurs préservant les lignées les plus « vaqueiras » (aptes au travail avec le bétail).

Jusque dans les années 1970 et 1980, le Baixadreiro était considéré comme un simple « cheval commun » sans valeur génétique particulière. Cependant, l'intérêt croissant pour la biodiversité a changé la donne.

Des institutions comme l'EMBRAPA (Entreprise brésilienne de recherche agricole) ont commencé à étudier ces populations isolées. Les chercheurs ont découvert un patrimoine génétique unique, vestige des chevaux ibériques anciens, préservé de tout croisement avec les races modernes (comme le Pur-Sang ou le Quarter Horse).

En 2012, un pas décisif a été franchi avec la création de l'Association des Éleveurs de Chevaux Baixadreiro, visant à structurer la race et à éviter son extinction face à l'introduction de races plus « commerciales ».